どちらの細胞も「＊＊幹細胞」と言うのだと思います。
iPS細胞の発見、で京都大学の山中伸弥教授がノーベル賞をとったので、
画期的な事が起こった、と思われがちですが、
たとえば、心臓に「体外で培養」した細胞を移植する手術は２年以上前から行われています。
では、どこが違うか。
一言で言うと、
iPS細胞：「一度受精卵の状態に戻す」
幹細胞：「そのまま培養する」
例：心臓の細胞を取り出し→培養し→もう一度心臓に戻す
では、どちらがいいのか、
これはケースバイケース、だと思います。
例えば新薬を作る、為の細胞（臓器の作成）であれば、応用のきくiPS細胞。
機能が著しく低下した臓器を補修する、為であれば、幹細胞。
という事になるのではないでしょうか。
ポイントは：
人間に本来備わった異分子細胞への拒絶反応がどちらが強いか、
ではないでしょうか。
少なくても、心筋梗塞重傷者への幹細胞移植は成功例があります。